Juniores C - Série E 2012/13

Qualificam-se para a 2ª Fase 18 equipas: 2 de cada uma das sete séries, 1 da Madeira e outra dos Açores e ainda os 2 melhores terceiros classificados. Serão divididas em 3 séries de 6 equipas, que jogarão entre si, a 2 voltas e iniciando com zero pontos, para apurar o primeiro de cada série e o melhor segundo classificado das 3. Na 3ª Fase (Apuramento de Campeão) jogam essas 4 equipas entre si, a 2 voltas, para apurar o vencedor da prova.
As restantes equipas jogam dentro da cada série entre si, a 2 voltas e com a totalidade dos pontos da 1ª fase. Descem aos Distritais as 2 últimas de cada série, mais os 6 piores sextos classificados.